Remplacer une image dans un PDF en utilisant PyMuPDF.
Le paquet binaire Debian est nommé python3-fitz (tracker

Pour une modification le plus simple est d'extraire l'image à l'aide de mutool extract puis de la retoucher par exemple avec Gimp avant de la remplacer avec quelques lignes de Python. Attention à l'index, donné par mutool extract en fin de ligne et utilisé pour nommer le fichier extrait. Le numéro de page commence à 0.

Voir aussi https://stackoverflow.com/questions/34937871/how-can-i-replace-image-in-pdf-programmatically-using-command-line-ideally